Pałac został budowany w latach 1798-1805. W latach 60. XIX wieku doszło do pierwszej przebudowy. Druga przebudowa została dokonana w latach 40. XX wieku.
Zespół pałacowo-parkowy w Nawrze stanowi przykład pałacu stylu klasycystycznego. Pałac został zaprojektowany przez słynnego warszawskiego architekta, Hilarego Szpilowskiego. Mimo aktualnie złego stanu, jest to jedyny tego typu pałac w północnej Polsce.
Już w 1929 r. budynek pałacu został wpisany do rejestru zabytków.
Nawra to niewielka wieś położna 10 km od Chełmży. Poza zespołem pałącowo-parkowym we wsi znajduje się gotycko-barakowy kościół rzymskokatolicki pw. Katarzyny Aleksandrysjkiej z XIV w., a także karczma z XVIII w. Do II wojny światowej w Nawrze odbywały się regularne jarmarki, a sama wieś była ważnym miejscem kulturotwóczym, gospodarczym i politycznym regionu.
Pierwszymi właścicielami pałacu była rodzina Kruszyńskich (herb Prawdzic). Dawniej w miejscu dzisiejszego pałacu znajdował się drewniany dwór. Pałac powstał na przełomie XIX i XX wieku za czasów Konstantego Kruszyńskiego. Pałac powstał według projektu Hilarego Szpilowskiego. Pałac wraz z dwiema oficynami został zbudowany w stylu klasycystycznym. W 1865 r. Bogusława Kruszyńska zawiera związek małżeński z Michałem Sczanieckim i rozpoczyna się nowy etap historii pałacu. W latach 70 XIX w. przeprowadzono przebudowę pałacu – nadbudowane zostało piętro elewacji ogrodowej. W XIX i XX wieku rodzina Sczanieckich była jedną z zamożniejszych w regionie. Życie codzienne mieszkańców pałacu w Nawrze związane było z nauką, pracą na roli, a wolnym czasie rozrywką: polowania, spotkania towarzyskie, jazda konno, gra w szachy, wycieczki lub spędzanie czasu nad lekturą książek.
Szczególnym miejscem pałacu była biblioteka. Na pocz. XVIII wieku. Antoni Kruszyński rozpoczął systematyczne kolekcjonowanie i uzupełnianie zbiorów. Tradycja ta kontynuowana była przez jego potomków i rodzinę Sczanieckiech. W skład zasobów wchodziły książki, mapy, atlasy, broszury, rękopisy, periodyki, pergaminy, archiwum rodzinne, a także numizmatyka. Z jej zasobów korzystali m. in. Gotfryd Ossowski, Zygmunt Mocarski, Oskar Kolberg, ks. Stanisław Kujot, Julian Ursyn Niemcewicz.
Do wybuchu II wojny światowej miejsce to pełniło ważną rolę kulturotwórczą, patriotyczną i gospodarczą regionu. W 1940 r. hitlerowcy zajęli zespół pałacowo-parkowym, w którym zorganizowali Mutterheim, a właścicieli wysiedlili m. in. do Chełmży. Wówczas pałac przebudowano na potrzeby nowej funkcji, zmieniając m. in. układ wnętrz, kształt części otworów okiennych. Z kolei wyposażenie wraz z obrazami, dywanami, częścią umeblowania, bogatym księgozbiorem „biblioteki nawrzańskiej”, zbiorem numizmatycznym i artefaktami archeologicznymi wywieziono lub zniszczono.
W 2021 r. powołano Kujawsko-Pomorskie Centrum Dziedzictwa w Toruniu. Głównym zadaniem tej instytucji jest przeprowadzenie renowacji zespołu pałacowo-parkowego w Nawrze, a następnie utworzenie muzeum.
