Organy leżajskie stanowią jeden z najcenniejszych w Europie zabytków sztuki w zakresie budowy i zdobnictwa tego instrumentu. Pochodzą z II poł. XVII w. Ich twórcą w fazie początkowej (przed 1680 r.) był Stanisław Studziński z Przeworska. Dalszą ich budowę i udoskonalenie prowadził Jan Głowiński z Krakowa. Budowę ukończono w 1693 r. W latach 1903-05 przebudował je w stylu romantycznym Aleksander Żebrowski, a w latach 1965-68 Robert Polcyn z Poznania pracował nad przywróceniem im brzmienia barokowego. Nadzwyczaj bogata dekoracja snycerska prospektu organowego, wykonana została przez samych zakonników. Dzięki nim wartości muzyczne zostały zespolone ze wspaniałą strukturą architektoniczną. Leżajskie organy to jednak nie jeden instrument, a trzy samodzielne. W nawach bocznych zbudowane zostały mniejsze instrumenty, a w nawie głównej największy.
Organy mają trakturę mechaniczną i razem 75 głosów. Wyposażone są ponadto w urządzenia dodatkowe: kukułkę, bęben (tympan), ptaszki, horribile. Posiadają też pełny głos 32, co oznacza, że największa piszczałka ma ponad 10 m długości. Cztery szafy organów głównych połączone z dekoracją chóru stanowią monumentalną fasadę wypełniającą zachodnią ścianę bazyliki aż po sklepienie. Organy główne mają w ten sposób 15 m wysokości i 7,5 m szerokości – jednak kompozycja architektoniczna prospektu łączy je nierozerwalnie również z dwoma sąsiednimi instrumentami w nawach bocznych, tworząc jeden monumentalny zespół organowy, na którym – jedynym w świecie – może grać trzech organistów równocześnie.
