Kościół był filią parafii w Zdziechowicach. Przy kościele w 1581 r. wybudowano przytułek i założono szkołę parafialną. Gdy w latach 1585–1590 dobra zdziechowicko-zaklikowskie przejął Marcin Gniewosz, który był wyznania kalwińskiego, kościół pw. św. Anny stał się siedzibą proboszcza, ponieważ stary kościół parafialny w Zdziechowicach został zamieniony na zbór kalwiński. Po upadku gminy kalwińskiej (ok. 1594) i spaleniu się zboru był jedynym kościołem w dawnej parafii zdziechowickiej. Jednak nie został kościołem parafialnym, gdy na nowo erygowano parafię, tym razem już w samym Zaklikowie. Funkcję tę przejął bowiem murowany kościół pw. św. Trójcy, ufundowany przez Annę, wdowę po Marcinie Gniewoszu.
Kościół jest budowlą jednonawową, na podmurówce kamiennej, oszalowany z zewnątrz deskami w pionie. Dach dwuspadowy, kryty gontem, nad prezbiterium niższy. Nad nawą znajduje się wieżyczka z sygnaturką. Przy północnej ścianie dobudówka pełniąca funkcję przechowywania trumien ze zmarłymi. Zakrystię, dobudówkę i kruchtę dobudowano w XIX w.
Ciekawym zwyczajem jest przybijanie na zewnętrznych ścianach świątyni tabliczek pogrzebowych po zmarłych pochowanych na tym cmentarzu. W 1939 roku wszystkie tablice zostały zdjęte i umieszczone na strychu kościoła. Zwyczaj, aby przy grobie ściągać z trumny metalową tablicę z nazwiskiem zmarłego i wieszać na drewnianym kościele na cmentarzu, nie jest znany w żadnym innym miejscu w regionie.
Najstarsza tabliczka pochodzi z 1683 roku i znajduje się na ścianie kruchty kościoła.
Po wojnie zaczęto jednak przyczepiać nowe tablice, co sprawia, ze wygląd kościoła jest wyjątkowy.
W kościele odprawia się msze w dzień Wszystkich Świętych i Dzień Zaduszny oraz w święto patronki, świętej Anny – matki Marii, Bożej Rodzicielki. Jego wnętrze otwierane jest także, kiedy przywożone jest do pochowania ciało zmarłego spoza Zaklikowa.