Geneza leżajskiego sanktuarium owiana jest niezwykłością. Kroniki podają, że w 2. poł. XVI w. (1560 r.), w gęstych borach przyleżajskich, zaczęły zdarzać się dziwne zjawiska, a miejscowy młynarz opowiadał, że na polanie w lesie miał widzenie Matki Bożej. Wkrótce również dzieci pasące bydło na tym terenie miały rzekomo widzieć jakieś nadzwyczajne światła22. Sprawa nabrała większego rozgłosu w 1590 r., gdy Tomasz Michałek zaczął twierdzić, że ukazała mu się Matka Boża i zażądała, by w miejscu wizji zbudowano kościół23. Wizjoner udał się do miejscowego proboszcza i przedstawił mu sprawę, ale ten uznał widzenie za fantazję i zabronił o tym mówić. Wierni bez zgody duszpasterza w miejscu objawień postawili Mękę Pańską, czyli rzeźbione wyobrażenie ukrzyżowanego Zbawiciela. Po jakimś czasie krzyż został uznany za cudowny i stał się przedmiotem szczególnego kultu. Na miejscu objawień postawiono najpierw małą kapliczkę, a następnie drewniany kościół, który został konsekrowany w 1598 r. Ruch pielgrzymkowy stale wzrastał, dlatego już 1608 r. sprowadzono bernardynów. Murowaną świątynię, która stoi do dzisiaj, wzniesiono w latach 1618-1628.
Centralnym elementem sanktuarium jest obraz Matki Bożej Pocieszenia oraz Cudowny Krucyfiks. Jak wiadomo, genezą tego sanktuarium były objawienia Maryi. Pragnąc upamiętnić ten fakt, poproszono ks. Erazma mieszkającego w Leżajsku w klasztorze bożogrobców o namalowanie obrazu upamiętniającego to wydarzenie. Powstałe malowidło ukazywało Madonnę z Dzieciątkiem. Sława leżajskiego wizerunku była duża, został więc uznany za cudowny. Wyrazem uznania dla obrazu była koronacja koronami papieskimi, która odbyła się w 1752 r.
Ważnym elementem religijnego wyposażenia ośrodka leżajskiego jest też Cudowny Krucyfiks, który powszechnie uważany jest przez wiernych za cudowny. W dziejach sanktuarium duże znaczenie miał fakt podniesienia w 1928 r. przez papieża Pius XI świątyni do godności bazyliki mniejszej. Do sprawowania kultu w sanktuarium – oprócz bazyliki – służą też: Stacje Drogi Krzyżowej, Stacje Radości Matki Bożej, Kalwaria Leżajska oraz Stacje za zmarłych.