Parafia rzymsko-katolicka Zaleszany powstała w 1326 roku, gdy wydzielona została z parafii Gorzyce. W tamtym czasie na terenie parafii obejmującym 54 km2 mieszkało 120 osób. Według innych danych, parafia ta była założona już w latach 1241-1251, dokumenty nie zachowały się. Pierwszym proboszczem w Zaleszanach był X. Witus. Drugim z kolei – X. Tobias (narodowości czeskiej).
W kancelarii parafialnej znajdują się metryki chrztów, ślubów i pogrzebów majdaniaków od początku XIX wieku a także: spis XX Proboszczów i Wikariuszy od 1326 r., odpisy rozporządzeń kościelnych i państwowych z XIX i XX wieku, wypisy łacińskie z Liber Beneficiorum X. J. Długosza z XV w., wypisy z „Vetera Monumenta Polonia, et Lituaniae” o. Augustinus Theiner.
Według „Liber Beneficiorum” Jana Długosza w XV wieku do parafii Zaleszany należały następujące wioski: Zaleszany, Kotowa Wola, Motycze Małe, Skowierzyn, Skowierzynek.
W nowszych czasach zostały dołączone jeszcze wioski: Dzierdziówka, Kępie Zaleszańskie, Majdan Zbydniowski i przysiółki: Berdechów, Karczmiska, Wólka Zaleszańska.
O pierwszym kościele brakuje dokładnych danych. Wg Jana Długosza kościół zbudowany był pod wezwaniem św. Mikołaja, Biskupa i Wyznawcy.
Drugi kościół drewniany, zbudowany w 1616 roku, został rozebrany w 1903.
W latach 1903-1905 zbudowano nowy kościół z cegły wypalanej w stylu gotyckim „nadwiślańskim”, który góruje nad otoczeniem swą 50 metrową wieżą spełniającą funkcję dzwonnicy. Cztery największe dzwony zakupione dla nowego kościoła zostały zarekwirowane na potrzeby wojskowe w 1917 roku i przepadły. Dzisiaj w dzwonnicy są 3 dzwony o nazwach: Maryja (waga dzwonu 600 kg), Mikołaj (300 kg) i Przemienienie Pańskie (150 kg).
Plan kościoła wykonał architekt krakowski Jan Sas Zubrzycki, który nadzorował budowę. Cegła i dachówka tzw. karpiówka pochodziły z parowej cegielni braci Kanarek w Skowierzynie. Budową kierował majster mularski z Radomyśla Maksymilian Okoń. Roboty kamienne (fundament jest wykonany z kamienia naturalnego) wykonał kamieniarz z Rozwadowa Michał Jękot. Roboty ciesielskie prowadził majster ciesielski z Jasła Szpak, roboty blacharskie – Pankracy Göhrle z Jasła, roboty szklarskie – Eliasz Unger również z Jasła.
Fundusze na kościół złożyli: baron Franciszek Ksawery Konopka, właściciel Zaleszan, który zapisał w testamencie 40 tysięcy koron i parafianie, którzy zebrali około 80 tysięcy koron. Ci ostatni włożyli również w budowę kościoła swoją pracę społeczną. Szczegółowy wykaz wszystkich przychodów oraz wydatków wskazuje, że majdaniacy zebrali na budowę kościoła kwotę 5328 koron i 82 halerze. Na czas budowy w miejscu dzisiejszej organistówki została zbudowana tymczasowa kaplica za kwotę 218 koron.
Poświęcenie kościoła i oddanie go na służbę Bożą odbyło się 6 grudnia 1906 roku a uroczysta konsekracja dokonana w 1912 roku przez biskupa przemyskiego Karola Józefa Fischera.
Po poświeceniu kościoła prowadzono ciągle jeszcze różne prace, jak ułożenie posadzki w 1910 roku, ogrodzenie w 1911 roku, malowanie świątyni w 1913 roku wykonane przez Ludwika Ciołkosza z Rozwadowa. Całowity koszt budowy i wyposażenia kościoła wyniósł około 150 tysięcy koron.
Zaraz potem, w czasie I wojny światowej uszkodzono dach, zegar na wieży, organy, witraże i ołtarz oraz część ogrodzenia. Szkody oszacowano na 1000 koron.
Kościół jest wewnątrz malowany (freski w 1955). Projekt malowania przygotował i wykonał profesor Józef Lis z Akademii Krakowskiej, rodak zaleszański.
W 1981 roku kościół został wpisany do rejestru zabytków.
