Jezioro chełmżyńskie jest typu polodowcego.
W gminie znajduje się kilka jezior – archidiakonka, stare, bielczyńskie-głuchowskie, grażyna, grodzieńskie i chełmżyńskie (trzy ostatnie często uważane za jedno).
Jezioro chełmżyńskie jest uważane za symbol gminy. Wynika to po pierwsze z wielkości, a po drugie z popularnością wśród mieszkańców i przyjezdnych. Jego powierzchnia wynosi 271,1 ha, maksymalna długość wynosi 6125 m, a szerokość 750 m. Głębokość jeziora wynosi 13-27 m. Jezioro posiada liczne boczne odnogi, zatoki i półwyspy. Lustro wody znajduje się na wysokości 81,8 m n.p.m. Jezioro Chełmżyńskie pobiera część wód z Jeziora Grodno. Jego zlewnia bezpośrednia obejmuje 115 ha z czego 77 ha zajmują lasy. Posiada kształt wydłużony – około 8 km. Jezioro Grażyna (Jezioro Małe Chełmżynskie – będące przedłużeniem Jeziora Chełmżyńskiego) ma powierzchnię 28,6 ha. Jego długości wynosi 1670 m, a szerokości 210 m. Jezioro Grodzieńskie, drugie co do wielkości jezioro na obszarze gminy, o powierzchni 43 ha i głębokości 7,3 m, położone jest w przedłużeniu rynny Jeziora Chełmżyńskiego. Brzegi jeziora są w znacznym stopniu zabagnione.
Obok Chełmży, Zalesie i Mirakowo to główne miejsca wypoczynku lokalnej społeczności i turystów nad jeziorem chełmżyńskim. Infrastruktura rekreacyjno-wypoczynkowo sprawiła, że jest to miejsce przyjazdów turystów z regionu (od Torunia to zaledwie 20 km). Współcześnie to ważny element krajobrazu kulturowego i symbol gminy, który przyciąga różne grupy turystów, w tym lokalną społeczność.
Ziemie chełmińskie, podobnie jak Pomorze zostały zaludnione później niż południe kraju. Ludność zamieszkująca w paleolicie i mezolicie utrzymywała się głównie ze zbieractwa, myślistwa i rybołówstwa. W młodszej epoce kamienia (4200-1700 p.n.e.) na opracowywane tereny napłynęła ludność z południa. Na podstawie badań stwierdzono, że pierwsze ślady osadnictwa znane są z okolic Jeziora Chełmżyńskiego i Grodzieńskiego. Podstawowym typem działalności gospodarczej tej ludności była uprawa zbóż i hodowla bydła. Centrum osadnicze stanowiło Jezioro Chełmżyńskie. Należy dodać, że znane jest ponad 1000 stanowisk osadniczych kultury pucharów lejkowych. Archeolodzy natrafili na osadę w Grodnie, datowaną na lata 750-620 p.n.e. Jest to dobrze zachowane osiedle obronne z przełomu epok brązu i żelaza.
